A Apae presta um grande apoio à família de seus alunos. São realizadas palestras educativas e disponibilizados profissionais, como assistentes sociais e psicólogos, para atender aos pais da pessoa com deficiência. A entidade também oferece oficinas profissionalizantes para os familiares. Atualmente muitas Apaes realizam também o Programa PAIS DE APOIO onde pais trabalhados pelas Apaes recebem, acolhem e orientam pais recém-chegados na instituição. Existe também o programa A HORA DA NOTÍCIA através do qual os pais de apoio visitam hospitais e clínicas acolhendo pais que acabaram de receber em suas famílias uma criança com deficiência. O trabalho com as famílias é bastante diversificado e inclui desde terapias individuais e em grupo com psicólogos, psiquiatras e assistentes sociais, até oficinas de artesanato onde os familiares aprendem um ofício e trocam experiências com outros pais, mediados por profissionais das APAEs.